Babası Mazhar Eymür, Osmanlı subayı olarak başlayan kariyerine Cumhuriyet döneminde Milli Emniyet Hizmetleri’nin (MEH) yöneticisi olarak devam etti. Mazhar Eymür, teknik takip ve telsiz dinleme operasyonlarının başında yer aldı. Mehmet Eymür ise 1943 yılında İstanbul’da doğdu ve babasının üst düzey istihbaratçı olduğu bir dönemde büyüdü. 1966 yılında, 23 yaşında MİT’e katıldı. Dönemin MİT Müsteşarı Fuat Doğu, sivil gençler için bir alan açmıştı ve Mehmet Eymür bu kurumda yer bulmakta zorlanmadı. Kariyerine “Takip Memuru” olarak başladı ve hızla yükseldi.
1971 yılında planlanan sosyalist eğilimli bir darbeyi ifşa eden ve 12 Mart 1971’de sağ eğilimli generallerin bildirisinin yayınlanmasını sağlayan operasyonlarda da Eymür yer aldı. 12 Mart’tan sonra, İlhan Selçuk ve diğer birçok kişiyi sorguladığı Ziverbey Köşkü’yle de anıldı. Bu sorgulamalarda işkence suçlamaları gündemdeydi. Silahlı sol örgütlere yönelik operasyonlarda aktif rol aldı ve 1972 yılındaki Kızıldere operasyonunda bulundu. “Yargısız infaz” suçlamalarına karşı “Çok ikna etmeye çalıştık, ben de ölebilirdim” şeklinde yanıt verdi.
1982 yılında Ermeni terör örgütü ASALA’nın operasyonlarında da yer aldı. 1984 yılında gerçekleşen “Babalar Operasyonu” olarak bilinen ve Dündar Kılıç, Fevzi Özbir ve diğer yeraltı dünyası ünlülerinin gözaltına alındığı operasyonu planlayıp yönetti. Hiram Abas ile birlikte sorgulara katıldı.
1987 yılında hazırladığı “Banker Bako Olayı, Polis İçindeki Çekişme ve Yeraltı-Polis-Kamu Görevlileri İlişkileri” adlı raporda polis, mafya ve siyaset ilişkisine dair çarpıcı iddialara yer verdi. “1. MİT Raporu”nun ardından 1988 yılında MİT’ten ayrıldı ancak 1994 yılında geri döndü. “Özel İstihbarat Dairesi” adlı birimini kurdu ve başına geçti. Bu birim daha sonra “Kontrterör Dairesi” adını aldı. 1994-1996 yılları arasında Abdullah Öcalan’ın yakalanması veya öldürülmesi çalışmalarına öncülük etti.
Mehmet Eymür, 3 Kasım 1996 tarihli Susurluk kazasının ardındaki ilişkiler ağını ifşa eden kişi olarak bilinir. Yıllar sonra 2011 yılında faili meçhul cinayetler soruşturması kapsamında gözaltına alındı ve evinde saatler süren bir arama yapıldı. İfadesinin ardından serbest bırakıldı. 2012 yılında Ergenekon davasında tanık olarak dinlendi, ancak ifadesinde muğlak konuştu ve detaylı bir bilgi vermedi.
Mehmet Eymür, MİT, emniyet, asker ve siyasiler arasındaki çekişme ve gizli çatışmalarda her zaman taraf oldu. Güç merkezleriyle ilişkilerini dengede tuttu ve askeri sıkıyönetim döneminde, Özal döneminde, Çiller döneminde ve Yılmaz döneminde yakınlık gösterdi. Mehmet Ağar ile ilişkisi ise iyi değildi. Eymür’ün İstanbul Bölge Başkanı Nuri Gündeş ile bir hesaplaşması da vardı. Doğu Perinçek’i “CIA ajanı” olarak nitelendirdi ve ondan nefret etti. Uzun yıllara dayanan bir tanışıklığı olan Veli Küçük ve Korkut Eken ile çalıştı. Operasyonlarda Yeşil’i ve bazı itirafçıları kullandığını inkar etmedi. Abdullah Çatlı’nın ise rakibi Nuri Gündeş’in kontrolünde olduğunu iddia etti. Mehmet Eymür kitaplar yazdı, röportajlar verdi ve internet sitesi kurdu. Her zaman suçlayan taraf olmuş ve karmaşık olayların merkezinde veya etrafında yer almıştır.