Ankara 13. Ağır Ceza Mahkemesi, sanıklar hakkındaki kararları istinaf kanun yoluna başvurulması üzerine Ankara Bölge Adliye Mahkemesi 20. Ceza Dairesi’ne gönderdi. İstinaf mahkemesi, bazı sanıklar hakkındaki kararları hukuka uygun buldu, 13 sanığın beraatini kararlaştırdı. Ancak, Yargıtay 16. Ceza Dairesi, terör örgütü FETÖ tarafından gerçekleştirilen darbe teşebbüsü sırasında, “anayasal düzeni ortadan kaldırmaya teşebbüs” suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası verilen 25 sanıkla ilgili verilen kararı onadı.
Kararda, sanıkların darbe girişimine karşı koyabilecek birliklerin etkisiz hale getirilmesini amaçladıkları ve örgütsel faaliyet kapsamında icra edilen darbe teşebbüsü sırasında kendilerine verilen emir ve görevleri kabullendikleri vurgulandı. Sanıklar, sözde yurtta sulh konseyinin mesajlarının, bağlı birliklere gönderilmesi emrini verdi. Daire ayrıca, sanıkların eylemlerini “Anayasal düzeni ortadan kaldırmaya teşebbüs suçuna yardım” şeklinde değerlendirdi.
Yargıtay 16. Ceza Dairesi, beraat kararının verildiği sanıklar hakkında ise bozma kararı verdi. Bu kararda, duruşma yapılmadan sanıkların beraat ettirilmesinin bozma nedeni olduğu belirtildi. Buna ek olarak, bazı sanıkların hükümleri yargılama aşamasında eksik araştırma yapıldığı gerekçesiyle bozuldu.
Himmet Taner Çengel ve Suat Arslan’a verilen ağırlaştırılmış müebbet hapis cezaları, sanıkların eyleminin “silahlı terör örgütüne üye olmak” kapsamında kaldığı gerekçesiyle bozuldu. Benzer şekilde, Sinan Azmi Tosun hakkındaki karar da, sanığın eyleminin “silahlı terör örgütüne üye olma” suçunu oluşturup oluşturmadığının tartışılması gerektiği gerekçesiyle bozuldu. Kararda, ağırlaştırılmış müebbet hapse mahkum edilen Tunahan Temel ve Necati Köksal hakkında Türk Ceza Kanunu’nun 62’nci maddesinin (takdir indirimi) uygulanmamasının bozma nedeni yapıldığı belirtildi.